◆2012年1月1日~2013年7月31日，執行財稅〔2011〕111號文件。
此期間發生的國際貨運代理服務，一般納稅人和小規模納稅人延續了原營業稅政策，支付給非試點、試點納稅人的價款，允許從其取得的全部價款和價外費用中扣除，即差額征稅計算方式相同。需要注意的是，一般納稅支付給試點納稅人的價款，如果取得增值稅專用發票時，通過認證后可以抵稅，故不得重復享受差額征稅優惠政策。
◆2013年8月1日~2013年12月31日，執行財稅〔2013〕37號文件。
結合財稅〔2013〕106號文件的追溯條款，此期間發生的國際貨運代理服務執行免稅政策，但僅適用于直接代理。同時，該文件保留了有形動產融資租賃差額征稅政策，國際貨運代理服務不分一般納稅人和小規模企業提供，差額征稅政策均被取消，即此期間該項服務不得扣除任何項目（包括行政事業性收費），應統一按照增值稅計稅方法計稅。
財稅〔2013〕37號文件未考慮差額征稅政策的延續性，為保持與財稅〔2011〕111號文件的協調性，財稅〔2013〕106號文件補充規定，注冊在北京市、天津市等9省市的試點納稅人提供應稅服務（不含有形動產融資租賃服務），憑2013年8月1日前開具的符合規定的憑證計算的部分，在2013年8月1日前可按有關規定以扣除支付價款后的余額為銷售額的，此前尚未抵減的部分，允許在2014年6月30日前繼續抵減銷售額，到期抵減不完的不得繼續抵減。
◆2014年1月1日至今，執行財稅〔2013〕106號文件。
國際貨運代理業恢復了部分差額征稅政策，但一般納稅人與小規模納稅人實行不同的抵扣項目，小規模納稅人可以扣除向委托方收取并代為支付的行政事業性收費，一般納稅人除可扣除委托方收取并代為支付的行政事業性收費外，還可扣除支付給國際運輸企業的國際運輸費用。同時，在該行業引入免稅政策，并分別強調了適用差額征稅、免稅政策的前提。
差額征稅政策、免稅政策要求委托方必須是直接代理。另外，免稅政策還要求試點納稅人向委托人收取的全部代理服務收入，以及向其他代理人支付的全部代理費用必須通過金融機構結算，并追溯至2013年8月1日，即只要符合條件，就可實行免稅政策。如果當時開具的是增值稅專用發票，需將專用發票追回后方可適用免稅政策。該項政策不區分一般納稅人和小規模納稅人。
◆國家稅務總局公告2014年第42號針對財稅〔2013〕106號文件“直接代理”問題作出了進一步補充，自2014年9月1日起，擴大國際貨運代理業免稅范圍。
不管是直接提供還是間接提供國際貨物運輸代理服務，只要最終提供的服務是國際貨物運輸代理服務，不再區分直接代理還是間接代理，就可以享受免稅政策。前提是通過金融機構結算。需要注意的是，貨代公司為大陸與香港、澳門、臺灣地區之間的貨物運輸提供貨物運輸代理服務的，參照國際貨物運輸代理服務有關規定執行。
◆各時期的稅收文件都強調扣除憑證必須符合法律法規的規定。
1.支付給境內單位或者個人的款項，以發票為合法有效憑證；
2.支付給境外單位或者個人的款項，以該單位或者個人的簽收單據為合法有效憑證，稅務機關對簽收單據有疑義的，可以要求其提供境外公證機構的確認證明；
3.繳納的稅款，以完稅憑證為合法有效憑證；
4.扣除政府性基金和行政事業性收費，以省級以上財政部門印制的財政票據為合法有效憑證；
5.國家稅務總局規定的其他憑證。
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